Craving Explorer 2開発担当です。ご利用いただき、ありがとうございます。
64bit版でもインストール先はC:\Program Files (x86)以下となります。
これは、CE2のベースとなるオープンソースブラウザChromiumの仕様通りの動作でございます。Google Chromeも同様の現象が発生いたします。
ご指摘の通り、本来であれば64bit版ソフトウェアはC:\Program Files以下にインストールされるべきではありますが、そのままでも問題なく動作いたします。
インストール先の変更には時間がかかるため、その機能を搭載する予定はございません。
ご了承いただきますよう、お願いいたします。