外野から失礼します。
確かに面倒かもしれませんね。
ただ、マイナーバージョンアップはほとんどの場合がセキュリティバグの修正なので、作者としては「せめてセキュリティ修正があった場合はきちんと最新版に更新してほししい」というのが本音だろうと推測します。
落としどころとしては、
1) 告知のポップアップは、設定で表示・非表示を選べるようにする
2) それでも、アトレスバーの右端に出る「更新」ボタンは原則として消せないようにする
3) 何か特殊事情があり、設定で「今後一切、自動更新はしません」という指定をしたときのみ、一切の通知をオフにする
あたりかなと思います。Firefoxには 3) の機能が昔からあります。