bonkura99さん：
お使いのCD-R焼き付けツールにどれだけの機能があるのか、という問題になると思うのですが、おそらく、今お使いのツールは
「44100Hz、16bit、ステレオ」のWAV形式（あるいはWAV形式に加えてMP3形式）にしか対応していないのではと思います。
YouTubeなどからCE2で音声のみダウンロードすると、原則として「48000Hz」の「AAC形式」でダウンロードされます。MP3に変換する機能もあるのでこちらでも一応試してみて、1回試した限りでは44100Hzに変換されていましたが、もしかしたら、動画の作品によっては48000Hzのままになってしまうことがあるのかもしれません。
データ形式や信号周波数を変換するツールは無料のものを含めて色々とありますので、検索していくつか試してみてはいかがでしょうか。